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目次
StanをRから使う
Rを通じてStanを利用すると決めた場合は、Stanを単独でインストールするのではなく、次のような手順を踏んでインストールを進める。
- Rをインストールする
- RStudioをインストールする
- Stanを使用するのに必要な(OSごとに異なる)ソフトウェアをインストールする
- Rの中でRStanパッケージをインストールする
RとStanのための開発環境
C言語やC++言語でコードを書きたくないから、R言語を使うし、Stanに頼ってハミルトニアンモンテカルロ法を用いるとは思う。しかし自分でC++言語を用いた開発をする予定がなくとも、Stanの利用には、C++言語の開発環境が必要である。Rと一緒に用いるのであれば、Rをコンパイルできる環境とともに揃えるのが望ましい。
Windows用にはコンパイルのための道具が収められたRToolsというパッケージが用意されている。macOSではXcodeを用いる。LinuxではGCCやRを一通りインストールすると、必要なライブラリも揃う。
RはThe R Projectが公開している最新版のバイナリをインストールすることを勧める。Microsoft R Openは、対応していないパッケージがあることもあるので、自己責任で選択して欲しい。
RとRStudio
まず、RとRStudioをインストールするか最新版に更新しておくこと。RはThe R Projectが公開している最新版のバイナリをインストールすることを勧める。Microsoft R Openは、対応していないパッケージがあることもあるので、自己責任で選択して欲しい。Linuxでは、Rをソースからビルドしてもいいし、各ディストリビューションに関係するパッケージを用いても良い。
バイナリをインストールするなら、Rの総本山のウェブサイトの国内ミラーである、統計数理研究所提供のCRANサイトから、使用するOS用のRの最新版をダウンロードしてインストールすると良い。RをRStudioから使う人は更に、RStudioの開発元であるRStudio.comから使用するOS用の RStudio Desktop (Open Source License) の最新版をダウンロードしてインストールすると良い。
Windowsユーザ向けのStanのインストール手順
Windowsを用いる人はR Stan Getting Started(の和訳)を見ながら進めると良い。
- https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ からRtoolsをダウンロードしてインストールする
- 上のインストール中に、システムの環境変数のPATHを編集するように指示する
- RもしくはRStudioを起動し、次の１行を実行してみる。
system(“g++ -v“)
コンパイラのバージョンなどを返してくれば、準備が整ったことが確認できる。
- 次にStanおよび関連するR用のパッケージをインストールする。
install.packages(“rstan“, repos=“https://cloud.r-project.org/“, dependencies=TRUE)
ここまで終われば、たくさんのパッケージがインストールされて、やっとStanをRから呼び出す準備が整う。
Macユーザ向けのStanのインストール手順
macOSを用いる人はRStan Mac OS X Prerequisite Installation Instructionsを見ながら進めると良い。
- App StoreからXcodeをインストールするか、最新版に更新する。
- RもしくはRStudioを起動し、次の１行を実行してみる。
system(“clang++ -v“)
- コンパイラのバージョンなどを返してくれば、準備が整ったことが確認できる。
- 次にStanおよび関連するR用のパッケージをインストールする。
install.packages(“rstan“, repos=“https://cloud.r-project.org/“, dependencies=TRUE)
ここまで終われば、たくさんのパッケージがインストールされて、やっとStanをRから呼び出す準備が整う。
Linuxユーザ向けのStanのインストール手順
Linuxを用いる人はコンパイラとライブラリが一通り入っていれば良い。そしてRもしくはRStudioを起動し、次の１行を実行してみる。
system(“g++ -v“) # WindowsとLinuxの場合
コンパイラのバージョンなどを返してくれば、準備が整ったことが確認できる。次にStanおよび関連するR用のパッケージをインストールする。
install.packages(“rstan“, repos=“https://cloud.r-project.org/“, dependencies=TRUE)
ここまで終われば、たくさんのパッケージがインストールされて、やっとStanをRから呼び出す準備が整う。